Dalam menjalankan tugasnya Direktur dibantu oleh tiga Pembantu Direktur yang membidangi akademik, administrasi keuangan dan kemahasiswaan. Sebagai pelaksana tugas harian di Akademi Analis Kesehatan Pekalongan unsur Pimpinan (Direktur beserta para Pembantu Direktur) dibantu para staf bagian sesuai tugas dan fungsi masing-masing.
Untuk mendukung kelancaran tugas-tugas di Akademi Analis Kesehatan Pekalongan maka diangkat beberapa orang untuk menjadi pelaksana urusan. Urusan-urusan itu terdiri dari Urusan Akademik dan Perpustakaan, Urusan Tata Usaha, Bendahara, urusan PDDIKTI dan Urusan Umum & rumah Tangga.
Tenaga profesi yang memegang peranan penting dalam analisa laboratorium kesehatan. Analis kesehatan sering dikenal juga sebagai ahli teknologi laboratorium kesehatan. Standar Profesi Ahli Tenaga Laboratorium Kesehatan Indonesia ialah standar profesi bagi profesi ahli teknologi laboratorium kesehatan di Indonesia dalam melaksanakan tugas profesinya untuk berperan secara aktif terarah dan terpadu bagi pembangunan nasional Indonesia. 
